土壤中的微生物具有形成土壤结构、分解有机质、分解矿物质、固氮、固碳、调节植物生长等等作用。当然，这些所有的功能都是由不同种群的微生物完成的，每一个功能的实现也需要有大量的微生物共同工作才行。

土壤中的微生物这么能干，你可能会想，要是能让他们听人类的话，想要他们干什么，他们就发挥什么功能就好了。嗯，没错，科学家们也是这么想的。现在，在医药卫生事业、工农业生产上，已经有大量应用微生物的例子。就拿土壤中的微生物来说吧，通过开发和筛选有效菌种，培育高效菌种，我们可以修复污染的土壤、生产菌肥、生物农药等等，我们可以开发出微生物肥料、微生物农药、微生物饲料、微生物药物和食品、微生物生态保护剂、微生物能源等等。

土壤微生物的应用前景

尽管如此，大多数土壤微生物未知种群蕴藏着目前还无法估量的资源，随着科技的进步，分子生物技术为科学家们探索微生物个体、群体间作用及其与环境关系的奥秘找到一把钥匙，微生物的大世界渐渐展现在人类眼前。为了充分开发微生物（特别是细菌）资源，1994年美国发起了微生物基因组研究计划（MGP）。通过研究完整的基因组信息开发和利用微生物重要的功能基因，不仅能够加深对微生物的致病机制、重要代谢和调控机制的认识，更能在此基础上发展一系列与我们的生活密切相关的基因工程产品，包括：接种用的疫苗、治疗用的新药、诊断试剂和应用于工农业生产的各种酶制剂等等。通过基因工程方法的改造，促进新型菌株的构建和传统菌株的改造，全面促进微生物工业时代的来临。到那时，土壤不再是黑箱，而是一个可以看得见的、摸得着的系统，许多年以来土壤微生物学家所面临的诸多问题就可以解决了。土壤管理者可根据实际情况，通过各种措施，有目的的调理土壤微生物数目和种类，制定农业生产措施；也可以根据土壤微生物客观条件制定耕作制度。通过改进施肥、栽培制度、人为引入有益的土壤微生物等措施，来恢复原有的微生物群落或增加某些功能，从而抑制作物土传病菌、提高土壤微生物多样性，有助于土壤生态肥力的提高，从根本上防治作物土传病害、连作障碍。塑造新的生物活性菌种、用微生物治理污染、改善环境也将成为可能。人类对微生物功能的利用将更能“随心所欲”了。